Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι η Συνέλευση του Τμήματος (Σ.Τ.), ο Πρόεδρος και ο Αναπληρωτής Πρόεδρος.
Η Συνέλευση του Τμήματος αποτελείται από Διδακτικό Ερευνητικό Προσωπικό (μέλη ΔΕΠ) του Τμήματος, έναν εκπρόσωπο, ανά κατηγορία, των μελών του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (Ε.ΔΙ.Π) και των μελών του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ), καθώς και δύο εκπροσώπους των φοιτητών του Τμήματος (έναν προπτυχιακό και έναν μεταπτυχιακό φοιτητή). Η Σ.Τ. είναι αρμόδια να λαμβάνει αποφάσεις για όλα τα ακαδημαϊκά, διοικητικά και τεχνικά θέματα του Τμήματος.
H Σ.Τ. του Τμήματος συνεδριάζει τακτικά την δεύτερη (2η) Τετάρτη κάθε μήνα, εκτός απροόπτου, και εκτάκτως, όταν προκύπτουν ανάγκες σύγκλησης.
Η σύνθεση των οργάνων διοίκησης του Τμήματος έχει ως εξής:
Πρόεδρος: Αναπληρωτής Καθηγητής Γεώργιος Κοζανίδης
Αναπληρωτής Πρόεδρος: Αναπληρωτής Καθηγητής Αλέξης Κερμανίδης
Συνέλευση Τμήματος
- Μέλη ΔΕΠ: Όλα τα μέλη ΔΕΠ (εκτός αυτών οι οποίοι βρίσκονται σε εκπαιδευτική άδεια ή σε άδεια άνευ αποδοχών)
- Εκπρόσωπος ΕΤΕΠ: Ιωάννης Μαρίνος
- Εκπρόσωπος Ε.ΔΙ.Π: Ιωάννης Λυχναρόπουλος
- Εκπρόσωποι φοιτητών: δεν έχουν οριστεί

